明治3(1870)年、現如上人を中心に北海道の開拓・開教に着手し、東本願寺の管刹（寺）を建立したのが始まりで、明治９年札幌別院と改められた。真宗大谷派札幌別院が本来の名称。
本堂・旧御堂のみでなく、ホールや研修室・和室などがあり、様々な学習会や講座が開催されている。